Evolution des Lebens berechnen

Prof. Alexandros Stamatakis übernimmt neue Professur im Bereich Bio-Informatik.

Die Evolution verstehen und die Entwicklung aller Lebewesen rekonstruieren – das ist das primäre Forschungsziel von Alexandros Stamatakis, der die neu eingerichtete Professur für High Performance Computing in den Lebenswissenschaften am Institut für Theoretische Informatik der Fakultät für Informatik übernehmen wird. Durch diese Professur trägt das KIT dem immer bedeutender werdenden Bereich der Lebenswissenschaften Rechnung und fügt seiner bestehenden Kompetenz im Hochleistungsrechnen eine neue Ausrichtung Bio-Informatik hinzu.

Alexandros Stamatakis leitet die Forschungsgruppe „Scientific Computing“ am Heidelberger Institut für Theoretische Studien (HITS). Der Dienstort der Professur ist am HITS angesiedelt, jedoch wird Prof. Stamatakis regelmäßig an der Fakultät für Informatik vor Ort sein, um Studierende und Doktoranden zu betreuen. Im kommenden Wintersemester wird er Vorlesungen zur Einführung in die Bioinformatik für Masterstudierende der Informatik halten. Die Berufung dokumentiert die gute und intensive Zusammenarbeit zwischen KIT und HITS, dem Forschungsinstitut der Klaus Tschira Stiftung.

Stamatakis (35) studierte Informatik in München, Lyon (École Normale Supérieure), Paris und Madrid und promovierte 2004 an der TU München. Im Anschluss an Postdoc-Stationen auf Kreta und an der ETH Lausanne kehrte er 2008 nach München zurück, zunächst an die LMU, dann an die TU, als Leiter einer Nachwuchsforschungsgruppe, gefördert durch das Emmy-Noether Programm der DFG. Zuvor hatte er zwei Rufe auf Assistant Professorships in den USA abgelehnt. Seit Oktober 2010 arbeitet Alexandros Stamatakis am HITS als Leiter der neu eingerichteten Forschungsgruppe „Scientific Computing“ (SCO). Schwerpunkte seiner Tätigkeit sind die Softwareentwicklung zur Berechnung  evolutionärer Stammbäume sowie die Evaluierung neuer Rechnerarchitekturen zur Stammbaumberechnung. Er baute mit seiner Gruppe  den neuen Parallelrechner am HITS auf und stellt den anderen HITS-Forschungsgruppen seine Expertise in den Bereichen  der parallelen Rechnerarchitekturen und  derparallelen Programmierung zur Verfügung. 

Außerdem entwickelte er  das Programm RAxML zur Analyse von Stammbäumen, um die Evolution des Lebens auf der Erde nachvollziehen zu können. Mit RAxML rekonstruierte Stamatakis den weltweit größten Stammbaum (Phylogenie) für Pflanzen, mit über 55.000 Arten von Angiospermen (Blütenpflanzen), gemeinsam mit Forschungspartnern der US-Universitäten Yale und Brown.
Er ist außerdem mit seiner Gruppe am internationalen und interdisziplinären Forschungsprojekt „1KITE“  zur Erforschung der phylogenetischen Stammbäume von Insekten beteiligt. Ziel ist es, neue Erkenntnisse über die Ursachen der Artenvielfalt von Insekten zu gewinnen.
Das interdisziplinäre Engagement des Informatikers zeigt sich auch dadurch, dass er als „Adjunct Professor“ am „Department of Ecology and Evolutionary Biology“ der University of Arizona in Tucson lehrt. Alexandros Stamatakis ist seit kurzem Mitglied des Lenkungsausschusses für den neuen Höchstleistungsrechner SuperMUC am Leibniz-Rechenzentrum in München. SuperMUC wurde im Juli 2012 eingeweiht und wird bei Inbetriebnahme zu  den zehn leistungsstärksten Supercomputern der Welt gehören.
Prof. Stamatakis ist außerdem - als einziger Informatiker – Mitglied im Beirat der „Society of Systematic Biologists“.
 

Das Heidelberger Institut für Theoretische Studien wurde von SAP-Mitbegründer Klaus Tschira ins Leben gerufen und ist eine private, gemeinnützige Forschungseinrichtung. Als Forschungsinstitut der Klaus Tschira Stiftung betreibt das HITS in verschiedenen Bereichen der Naturwissenschaften, Mathematik und Informatik Grundlagenforschung zur Verarbeitung und Strukturierung großer Datenmengen. Der Sitz des Instituts befindet sich auf dem Campusgelände Schloss-Wolfsbrunnenweg 35.